Genomzentrum

Die Genome Center Facility und die Abteilung Molekularbiologie unter der Leitung von Detlef Weigel haben bereits 2007 die DNA-Sequenzierung der nächsten Generation in unserem Institut eingeführt. Heute sind sequenzierungsbasierte Ansätze für die große Mehrheit unserer Forschungsgruppen von entscheidender Bedeutung. Dazu gehören De-novo-Genomassemblierungen, Variantenerkennung, Metagenomik, Chromatinanalyse, Full-Length- und Short-Read-Transkriptomik, Small-RNA-Analyse und Einzelzellanwendungen für so unterschiedliche Organismen wie Wirbeltiere, Insekten, Würmer, Pflanzen, Braunalgen, Pilze, Ciliaten und andere Mikroben.

Das Genomzentrum verfügt über ein Sequel II-System von Pacific Biosciences für die High-Fidelity-Single-Molecule-Echtzeit-Sequenzierung (SMRT) von DNA-Fragmenten mit mehreren tausend Nukleotiden Länge. Die Facility betreibt auch eine NextSeq 2000-Plattform von Illumina, die routinemäßig Paired-End-Short-Read-Daten (bis zu 2 x 300 Nukleotide) aus kleinen DNA-Fragmenten in der Größenordnung von 360 Gigabasen pro Durchlauf erzeugt. Schließlich steht für kleinere Projekte ein Illumina MiSeq-Sequenzer zur Verfügung.

Das Genomzentrum gewährleistet schnelle, zuverlässige und hochwertige Sequenzierungsdienste und unterstützt die Entwicklung neuer Anwendungsprotokolle. Die Einrichtung schult interne und externe Wissenschaftler in der Vorbereitung von Bibliotheken, unterstützt mit technischer Ausrüstung für die Bibliotheksvorbereitung und Qualitätskontrolle und stellt eigene Laborräume zur Verfügung.

Systeme

• Sequel II, Pacific Biosciences
• NextSeq 2000, Illumina
• MiSeq, Illumina
• Chromium, 10x Genomics
• Femto Pulse, Agilent Technologies
• Bioanalyzer 2100, Agilent Technologies
• Sage ELF, Sage Science
• BluePippin, Sage Science
• CHEF-DR III, BioRad
• Megaruptor 2, Diagenode
• Covaris S2, KBiosciences
• Qubit 2.0 Fluorimeter, Invitrogen
• Viaflo 96, Integra